一、造成土壤板结、透气性差。
经雨水漫灌后、很多大棚很久才能排出水、整个大棚土壤板结严重、土壤含氧量低、透气性差。
二、土壤营养严重流失。
对于已经施入化肥并且整好地的大棚，会造成一部分肥料的流失、尤其是氮肥（铵态氮容易挥发、硝态氮容易淋失；另外，磷肥容易被土壤固定、钾肥也容易随水流失）。
三、使大棚土壤酸化、盐渍化、长青苔。
经过水淹后导致土壤酸化，严重影响作物正常生长。
四、增加土壤中病原菌，导致作物根部病害。
雨水灌入大棚，容易带入病原菌，随着土壤中的病原菌扩散繁殖，从而容易导致作物根部病害。另外、对于闷棚的土壤，会影响闷棚的效果。
五、治理措施。
1， 提前挖好排涝沟，在大棚后面挖深沟排水，可以采用高畦栽培，把苗栽垄背上。另外，注意看天气预报，大雨来临前及时关闭大棚风口，清理下水排涝沟。
2， 若是暴雨过大，排涝沟排水不及时，有时甚至从土壤中往上返水，那就准备抽水泵、往外抽水，有些大棚后墙是土墙，灌水后泡水时间长了、随时有倒塌的风险，及时排水的同时一定要注意人身安全。
3、如果还未定植作物，建议棚内土壤稍干后重新旋耕一遍，以增加土壤透气性。
4、雨水倒灌以后，等雨水排完，及时冲施一遍清水，也叫“涝浇园”，不用带任何肥料，可以带点杀菌剂，减轻根茎腐病的发生。 等天好一点，叶面也及时的喷施杀菌剂，可以带点生物刺激素促进植株恢复生长。
