法律分析：村民擅自在自家耕地上建房，根据其情节轻重，将受到不同程度的惩罚。
根据《土地管理法》的规定，非法占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等,破坏种植条件的或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。该法规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
同时《土地管理法》规定，依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位和个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位和个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起15日内，向人民法院起诉；其间不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
村民擅自在自家耕地上建房，如果在建房过程中被村里发现，村里可能会上报县级以上人民政府土地管理部门，土地管理部门知道后会让其立即停止继续建房，并规定一定的时间内改正或拆除，还可能对他进行罚款。如果村民对有关机关作出的让其拆除的决定不服，可以在接到处罚决定之日起15日内向人民法院起诉；如果在这15日内既没起诉又没拆除，则该村民的房屋可能会被有关机关强拆，而拆除费用也将由他支付。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》
第七十五条 违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第七十八条 农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
第八十三条 依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
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